治療的方法，會根據發炎的嚴重程度和潛在原因，來規劃合適的個人化療程。
1.藥物治療
常會使用三合一複方藥膏，內含弱強度的類固醇、抗生素和抗黴菌藥物的成份，可以迅速控制病灶，緩解不適。
較嚴重的發炎，甚至流膿、潰瘍水泡、與性傳染病相關的感染，會需要加上口服或針劑藥物（抗生素、抗病毒藥）
2.病因治療和預防
如果是先天包莖，或是因反覆發炎造成的次發性包莖，導致清潔困難不易，或是包皮龜頭同時合併病毒疣（菜花、傳染性軟疣），便建議包皮環切手術治療。（手術種類優劣待下篇再介紹）
糖尿病的控制很重要，約有10%的包皮龜頭炎患者是未診斷的糖尿病患；已知有糖尿病的病患，更應該謹慎控制。
如果是藥物過敏，或是接觸性的包皮龜頭炎，務必找出過敏源，日後避開。
伴侶如果也有生殖泌尿道的感染症狀，建議應該同時治療，否則感染的病源體沒有根除，再次親密關係時，發炎可能會再捲土重來。
 患者也需配合日常習慣的調整，例如：
保持良好私密處清潔習慣，維持乾淨清爽，減少病原體生長。
避免使用成分複雜、有刺激性的清潔品過度清潔。可用中性、私密處專用、或是溫的清水清潔即可。
避免過度劇烈頻繁的性行為，或是潤滑不足造成撕裂傷，可使用保險套降低感染機會，親密關係後儘快清潔私密處。
儘量生活作息正常，減少刺激性飲食，培養運動習慣以維持良好的免疫系統能力。